Entre sus objetivos de conservación se destacan:
La misma tiene categoría de gestión de Reserva Natural Estricta/ I2 Área Silvestre “Área Natural Silvestre: Área Protegida manejada principalmente con fines de protección de la naturaleza”, la cual se define como “Vasta superficie de tierra o mar no modificada o ligeramente modificada, que conserva su carácter e influencia natural, no está habitada de forma permanente o significativa, y se protege y maneja para preservar su condición natural».
Este parque está en territorio virgen y prístino, gracias a que no hay ningún tipo de población humana en la zona lo que debe mantenerse en el transcurso del tiempo, al tener en cuenta que desde el retiro de la última glaciación (entre 50.000 y 13.000 años antes del presente) el área sufrió una mínima acción e intervención humana.
La vegetación presente está caracterizada por la especie dominante que es la lenga, la cual en los mejores sitios (con buen suelo y protección), alcanza 25 metros. También se encuentra ñire, caña colihue y berberis; además de hallarse también plantas herbáceas, especialmente en los mallines.
La vegetación y su distribución determinan hábitats diferentes para la mayoría de las especies de fauna, por lo que la distribución de ésta se encuentra en estrecha relación con la distribución de las comunidades vegetales.
Entre los mamíferos más conspicuos se destacan el pudú (Pudu pudu), el huemul (Hippocamelus bisulcus), el puma, zorro gris y zorro colorado. También hay hurones, huillín o lobito de río y el gato huiña.
Entre los reptiles, faltan los ofidios venenosos, aunque hay culebras y anfibios tales como el sapo del bosque. Los peces han sufrido el impacto de la introducción de las especies de cultivo; son autóctonas la perca o trucha criolla, el pejerrey patagónico y los numerosos puyenes, del género Galaxia.
En cuanto a la avifauna en el área del Lago Baggilt desde el punto de vista ornitogeográfico la zona se halla las especies de aves características del distrito como el azor variado, aguilucho cola roja, chimango, paloma araucana, cachaña, lechuza bataraz, picaflor rubí, martín pescador grande, carpintero araucano, carpintero patagónico, pitío, colilarga, rayadito, huet-huet, chucao, diucón, peutrén, tordo patagónico y el cóndor.
Es de destacarse que alberga poblaciones de especies críticas como el Huemul (Hippocamelus bisulcus), integrante de la lista de vertebrados del país que se encuentran en peligro de extinción. El mismo es un cérvido autóctono, robusto, siendo en la hembra un poco menor, poseen miembros resistentes y cortos, su pelaje es grueso y espeso de color pardo intenso, más tostado en épocas de verano (café oscuro muy lustroso) y más grisáceo en el épocas de invierno, que permite su adaptación a las zonas montañosas y climas rigurosos. La quijada y dentro de las orejas es de color blanco, la parte inferior de la cola y superior del hocico es negro. Los cuernos, que constituyen caracteres secundarios de los machos adultos, presentan una horqueta y llegan a medir unos 30 cm. Las crías son de un color semejante a la de sus padres.
Se encuentra abierta para los visitantes, estimándose unas 2500 personas que acceden anualmente al lugar.
En tanto se respete este proceso de cuidado del territorio los visitantes podrán disfrutar de una reserva natural de características inigualables. Es por ello que se piden se extremen las precauciones haciéndole caso a los guías y Guardafaunas para poder circular en los lugares permitidos
Conservar atributos y calidades naturales del ambiente, recursos genéticos y procesos ecológicos. Garantizar el uso público. Promover la investigación, monitoreo, educación e interpretación. Aportar a pobladores beneficios compatibles con el área.
Es importante la protección de estas áreas porque, de esta manera, ayudamos a que este paraíso natural se mantenga sano, cuidado y conserve así sus características originales por más tiempo.